Родился в  Белостоке в семье преподавателя немецкого языка.

В семилетнем возрасте вместе с семьей переехал в Москву.

Закончив курсы радиотелеграфистов стал работать на Люберецкой радиостанции.

В 1924 году уехал в Ленинград, где устроился радистом на полярную станцию «Маточкин Шар» Главсевморпути.

Затем последовали вторая зимовка на этой станции, зимовка на полярной станции «Бухта Тихая»,

участие в международной арктической экспедиции на дирижабле «Граф Цеппелин».

В навигацию 1932 года Кренкель участвовал в первом сквозном плавании по Севморпути ледокольного парохода «Сибиряков»,

а через год – на пароходе «Челюскин». Он достойно перенес все трудности дрейфа в ледовом лагере, улетев из него одним из последних.

Перезимовав в 1935/36 годах на станциях «Мыс Оловянный» и «Остров Домашний», Эрнст Теодорович вошел в состав «папанинской четверки»

— участников первой дрейфующей станции «СП-1», за что получил звание Героя Советского Союза.

После дрейфа Кренкель возглавил Управление полярных станций Главсевморпути, в годы войны фактически руководил работой эвакуированной в Красноярск Главка.

В 1947 году он был без объяснения причин снят с этой должности (тогда опале подвергли всех «папанинцев»).

До конца жизни Эрнст Теодорович руководил одним из московских радиозаводов и НИИ гидрометеорологического приборостроения,

начав там с рядового инженера. Активно занимался общественной деятельностью.

Умер в 1971 году. Похоронен на Новодевичьем кладбище.